La Contraloría General de la República -CGR- por atribución constitucional, y en forma externa, le corresponde conceptuar sobre la calidad y eficiencia del control fiscal de las entidades y organismos públicos en su respectiva jurisdicción. La Ley 42 de 1993 facultó a la Contraloría General de la República, para establecer los métodos y procedimientos con los cuales evaluará la calidad, el nivel de confianza y eficiencia del Sistema de Control Interno de las entidades públicas; como parte del ejercicio de su función fiscalizadora. En consecuencia, el control fiscal al realizarse en forma posterior y selectiva no participa de las actuaciones administrativas sino que por el contrario cada entidad automáticamente, tiene la facultad de diseñar y aplicar sus métodos y procedimientos de Control Interno según su naturaleza y en atención a los parámetros formulados por la Ley 87 de 1993.

Vela por el ejercicio diligente y eficiente de la administración pública ejerciendo la vigilancia superior de la conducta oficial de quienes desempeñan funciones públicas ejerciendo preferentemente el poder disciplinario; adelantar investigaciones correspondientes, e imponiendo las sanciones respectivas conforme a la ley.

Le corresponde, en materia contable, diseñar, implantar, vigilar y establecer políticas de control interno y coordinar con las entidades el cabal cumplimiento de las disposiciones en la implantación del sistema nacional de contabilidad pública, de conformidad con la normatividad vigente sobre la materia.