El Terminal de Pasajeros El Dorado fue diseñado durante el gobierno del General Gustavo Rojas Pinilla. Su construcción se inició en 1955 y entró en servicio a finales del año 1959 con las demás dependencias del entonces nuevo aeropuerto.

Durante los últimos años el terminal se ha ido ampliando hacia los costados Norte y Sur (ampliación de las salas de reclamo de equipaje), hacia el occidente (ampliación del Hall de espera).

En 1973, El Dorado movilizaba casi tres millones de pasajeros al año, los cuales llevaban consigo 5 millones de maletas. Este año fue uno de los más prósperos para la industria de la aviación, al registrar importantes índices de crecimiento en los sectores de pasajeros nacionales, internacionales, carga nacional e internacional. En ese año se comenzó a mencionar la necesidad de que El Dorado tuviera una segunda pista como alternativa en el evento en que la primera no pudiese operar, por ejemplo, por obstrucción.

El Dorado en 1959, contaba con pistas de rodaje (tres calzadas de conexión en las plataformas), Plataformas de parqueo, Pavimentos, Sótano, Salón de pasajeros, Mezanine, Segundo piso (Salas de espera pasajeros nacionales e internacionales, muelles de abordaje, restaurantes y locales comerciales), Tercer piso oficinas y despachos de servicios), cuarto piso (Oficinas de gerencia y dependencias de la ECA. Sector administrativo, contabilidad y despacho de la misión), Quinto piso (oficinas de operaciones de la ECA y sistemas de comunicaciones), Sexto piso (dependencias de meteorología y central de ayudas a la navegación aérea de la ECA), Séptimo piso (instalaciones de control de ruta), Octavo piso (Instalaciones de radar), Noveno piso (Salón de conexiones y distribuciones eléctricas), Décimo piso (Torre de control). Total Terminal de Pasajeros Área Cubierta: 34.578.83 m2. Terminal de Carga:6.997 m2. Edificio de Administración y Bomberos: Ubicado entre los terminales de pasajeros y de carga. Instalaciones Técnicas: Se colocó una estación trasmisora remota para el control del tráfico aéreo y la comunicación aire-tierra.

En 1981 Avianca emprendió la construcción del Puente Aéreo inaugurado por el Presidente Julio Cesar Turbay Ayala, para canalizar los vuelos desde Bogotá a Cali, Medellín, Miami y Nueva York.

El Dorado en 1990: comenzaron a funcionar desde el tercer nivel del edificio Terminal, las principales dependencias del Departamento Administrativo de Aeronáutica Civil., entidad estatal que reemplazó a la desaparecida Empresa Colombiana de Aeródromos. En éste año aparece la edificación del Centro de Estudios Aeronáuticos. En los terrenos centrales, localizados en la zona oriental del predio aeroportuario, surge el Centro Nacional de Aeronavegación.